L'histoire prend place dans un Japon totalitaire, juste après une Seconde Guerre mondiale où l'Allemagne nazie aurait envahi l'archipel, qui aurait poursuivi une dérive fascisante post-nazie. La POSEM (POlice de SEcurité Metropolitaine), dont les panzers, une brigade d'élite de répression lourdement armée, aux équipements et au casques rappelant les soldats de la Wehrmacht, tente d'étouffer un début de guerre civile menée par un groupe terroriste. Lors d'une émeute, le lieutenant Kazuki Fuse, une jeune recrue de cette brigade, va être confronté à une très jeune terroriste, « un petit Chaperon Rouge », transportant une bombe dans les égouts.

Batou est un cyborg vivant. Son corps entier a été fabriqué par l'homme. Seules lui restent des bribes de son cerveau et le souvenir d'une femme. Dans un monde où la frontière entre humains et machines est devenue infiniment vague, les Humains ont oublié qu'ils sont humains. Voici la débauche du "fantôme" d'un homme solitaire qui néanmoins cherche à conserver son humanité.

La veille d'une sortie avec le professeur Agasa et les enfants, Conan fait un cauchemar où il voit Gin et Vodka le retrouver et s'en prendre à Ran. Pendant ce temps, une série de meurtres a lieu dans tout le Japon, incitant la police à collaborer entre préfectures. Le seul point commun entre eux est la présence d'une pièce de mah-jong à côté des victimes, ainsi que les derniers mots prononcés par la dernière victime en date : "Tanabata Kyo".