Rêves d'androïde est une réinterprétation du conte de Pinocchio. Le film raconte l'histoire d'une petite marionnette, Palme, que son créateur a chargé de prendre soin de son épouse souffrante, Xian. Après la mort de celle-ci, Palme reçoit la visite d'une femme mystérieuse qu'il confond avec Xian. En proie à la tristesse, Palme accepte à sa demande de livrer quelque chose de spécial en un lieu lointain dénommé Tama. Palme se trouve ainsi embarqué dans un voyage à la découverte de ses propres émotions, et de ce que recèle la nature humaine.

Cloud Strife, ex-soldat, décide de s'isoler de ses anciens compagnons pour lutter contre les souvenirs de son passé, seul. Cependant, quand il se fait attaquer par le gang de Kadaj, Loz, et Yazoo, qui recherchent leur "Mère" pour commencer leur "Réunion", Cloud va devoir plus que jamais affronter les souvenirs qui le tourmentent.

Le Monde inverse est un monde contrôlé par Giratina. Le combat qui avait opposé Dialga et Palkia a créé une fissure. Giratina décide alors de se venger sur Dialga. Et comme d'habitude Sacha, Pikachu et leurs amis sont de la partie.

Dans la matinée du 1er août, l’héroïne se réveille et découvre qu’elle n’a absolument plus aucun souvenir de son passé. Un garçon se présente alors devant elle, et se présente comme étant un « esprit » du nom d’Orion. L’héroïne, sous la direction d’Orion, retrouvera avec du mal ses souvenirs. Elle recevra par la suite un appel téléphonique sans pouvoir reconnaitre le nom sur l’écran, en le rencontrant il semble s’agir de son petit ami, bien que son visage ne lui dise strictement rien…