Takaki et Akari sont deux camarades de classe de l'école primaire. Au cours de leur temps ensemble, ils sont devenus des amis proches. Leur relation est testée lorsque Akari déménage dans une autre ville à cause du travail de ses parents. tout les deux luttent pour conserver leur amitié, alors que le temps et la distance semblent lentement les séparer. Lorsque Takaki découvre qu'il est en train de s'éloigner définitivement, il décide de rendre une dernière à visite à Akari.

Alors que la première moitié du XXIème siècle n'est pas encore écoulée, la Terre est déjà exsangue, voir condamnée aux yeux de ses habitants, qui considère la colonisation de Mars comme seule issue viable. Comme si cela ne suffisait pas, en 2047, une entité intelligente extra terrestre, qui a pris la forme d'un gros astéroïde, fait une entrée fracassante et dévaste la planète.L'humanité courbe l'échine mais ne plie pas. 3 ans après le début de l'invasion, les nations parviennent à mettre en place un immense écran protecteur qui empêche désormais les vaisseaux extra-terrestres de pénétrer dans l'atmosphère. Cependant, ce n'est qu'un répit et les hommes jouent leur survit quotidiennement dans les combats contre l'envahisseur.