Le petit Sosuke, cinq ans, habite un village construit au sommet d'une falaise qui surplombe la Mer Intérieure. Un beau matin, alors qu'il joue sur la plage en contrebas, il découvre une petite fille poisson rouge nommée Ponyo, piégée dans un pot de confiture. Sosuke la sauve, et décide de la garder avec lui dans un seau. Ponyo est aussi fascinée par Sosuke que ce dernier l'est par elle. Le petit garçon lui promet de la protéger et de s'occuper d'elle, mais le père de Ponyo, Fujimoto - un sorcier autrefois humain qui vit tout au fond de la mer - la force à revenir avec lui dans les profondeurs. Bien décidée à devenir humaine, Ponyo s'échappe pour retrouver Sosuke. Mais avant de prendre la fuite, elle répand l'élixir magique de Fujimoto, l'Eau de la Vie, dans l'océan. Le niveau de la mer s'élève, et les sœurs de Ponyo sont transformées en vagues gigantesques qui montent jusqu'à la maison de Sosuke sur la falaise, et engloutissent le village...

Ito Kaiji est un jeune homme de 26 ans qui vit au jour le jour et travaille à mi-temps dans une épicerie. Il ne l’admet pas, mais il est le loser typique de nos sociétés actuelles. Un jour, une femme nommée Rinko Endo vient le voir pour lui demander de rembourser une dette qu’il aurait contractée avec un ami. Kaiji n’a aucun moyen de rembourser cet argent. Endo lui propose alors un marché : s’il embarque sur un mystérieux bateau, il pourra non seulement rembourser sa dette mais en plus devenir très riche. Kaiji se retrouve à bord du bateau entouré de losers endettés comme lui: ils sont tous pris au piège dans un jeu cruel. S’ils gagnent, leurs dettes seront couvertes, si ce n’est pas le cas, ils perdront toute leur dignité et seront condamnés aux travaux forcés: « Seule la victoire compte, si vous perdez, vous êtes bons à jeter ». Les joueurs vont être pris dans un jeu macabre où ils devront faire face aux pires dangers pour rester vivants…

C'est l'été. Mary vient d’emménager chez sa grand-tante dans le village de Manoir Rouge. Dans la forêt voisine, elle découvre une fleur mystérieuse qui ne fleurit qu'une fois tous les 7 ans. On l'appelle la "fleur de la sorcière". Pour une nuit seulement, grâce à la fleur, Mary possédera des pouvoirs magiques et pourra entrer à Endor, l’école la plus renommée dans le monde de la magie, qui s'élève au-dessus du ciel, au-delà des nuages. Le secret de la fleur de la sorcière se révélera à elle petit à petit…

L’histoire se déroule au Japon en 2020. L’économie s’est complètement envolée et à Tokyo, la vie est devenue extrêmement chère. Kaiji mène une vie difficile dans ces conditions : il a beau charbonner dans son boulot, il n’écope à la fin du mois que d’une maigre paie, avec laquelle il peut à peine aller se payer une bière. Il découvre alors que son patron, Otsuki, s’en est mis plein les fouilles grâce à un réseau de jeux d’argent illégaux. Désormais président de la puissante compagnie Teiai, il entraîne Kaiji dans son monde afin que celui-ci participe à un jeu de grande envergure appelé la Tour de Babel.