Indiana Jones se lance cette fois-ci à la recherche du Saint Graal, accompagné de l'éminent et très maladroit Dr Henry Jones, son père. Malheureusement, ils ne sont pas les seuls lancés sur la trace du trésor, les nazis le convoitent également.

En 1940, l'Europe est en guerre. En Amérique, Linda Voss devient la secrétaire d'Edward Leland, responsable d'un service d'espionnage. Ils tombent très vite amoureux l'un de l'autre. Malgré cela, Leland envoie la jeune fille en Allemagne, qui devra se faire passer pour une gouvernante auprès de la famille d'un haut fonctionnaire nazi.